Повлачењем Балшића са власти, Зетом су завладали Црнојевићи, једна нова феудална породица, која ће одиграти значајну улогу не само у одбрани отаџбине од турских насртаја, већ и у културном погледу. Како је у међувремену Скадар пао под турску власт (1479), Цројевићи премјештају престоноци Зете у Жабљак, на Скадарском језеру, наспрам самом Скадру, а у очекивању повољног момента да се поново врате у старославну престоницу Зете од прије 500 година.
Како се зна, Турци су дефинитивно заузели Скадар 1479. године. Тако је Сакадар, који је пуних 500 година био престоница Зете, пада у руке Турака, који су у овом нападу, као и у свим претходним, па и у наредним, помагали Албанци, не само као регрутовани војници, већ и као најамници (арнаути, мерценари), па и као башибозуци.
Историчар Марин Барлети, који је учествовао у одбрани Скадра од труског напада 1479. године, писао је и објавио у Венецији читаву књигу о тој борби. Он каже “да су град бранили Срби под командом Данила Јуричића, а не како Албанци данас тврде да су то чинили њихови преци под командом Леке Дукађиновића “. Тада су се у Скадру Албанци могли избројати на прстима једне руке. Наравно, као и свугде, после турске окупације, они ће заузети огњишта побијених Срба, Грка и Влаха. Од непобијених, један дио ће протјерати, а други ће асимиловати и тако у 18-19 вијеку они ће бројчано надвладати у Скадру. Познати њемачки историчар Георг Стадтмилер пише да је у данашњој сјеверној Албанији, у вријеме 15-16. вијека „становништво било у већини српско“.
И после пада под Турцима, Скадром су наставили да владају Срби из владајуће породице Црнојевића. Наиме, Станиша, син Ивана Црнојевића, пошао је у Истанбул код турског султана и примио ислам. Вратио се са новим именом Скендер-бег и владао Скадром под труском заставом.Скадар је одбио два велика Турска напада, 1474. и 1478-1479. Сломивши херојску одбрану, Турци су освојили Скадар 1479. По освајању, град је био разорен, а већина становништва је избегла. Скадар је постао главни град турског вилајета.
У 15-ом вијеку, основана је мања административна јединица, санџак, са центром у Скадру. Град је почео да напредује на занатству: производњи свиле, тканина, оружја и сребрних предмета. У граду је изграђен базар и мост преко ријеке Кир, дуг преко 100 метара, на 13 лукова.
Скадар је био културни и национални центар у 16. вијеку. Библиотека у Бушату, изграђена 1840-их, била је мјесто окупљања ослободилаца Скадра . Оснивана су културна удружења и друштва писаца у граду, као Башкими (Срез ) и Агими (Зора). Прве албанске новине и часописи штампани су у Скадру. Млетачка породица Маруби била је пионир фотографије у Албанији и оставила преко 150.000 негатива из периода албанске борбе за независност, као и слика живота у српским градовима Скадру и Љешу на прелазу из 19. у 20. вијек.Скадром и северном Албанијом владали су чланови три феудалне породице: у 16. вијеку. Дукађиновићи ( Дукађини), у 16 .вијеку. Махмудбеговићи, у 18. и почетком 19. вијека. Бушатлије (Бушатли) у борби за очување аутономије, током 16. вијека често су долазии у сукоб са скадарским санџак-беговима: у Љешкопољу 1603, у Морачи 1645, у Вртијељки 1685 против Сулејман паше Бушатлије, у Кучима 1688, и Тузима 1701 .године . У 18. вијеку Скадар је два пута био изолован због појаве куге (1761. и 1770.). Кара Махмуд паша, поријеклом од Црнојевића, сматрао је да је Црна Гора његова и тражио је као своју баштину, али је поражен у бици на Мартинићима 1796. Исте године погинуо је у бици код села Круси.У Скадру и околини има много православних цркава, манастира и других споменика, углавном у рушевинама. На јужној страни језера, у Крајини св. Владимира, испод планине Тарабоша, налазе се рушевине храма Св. Богородице („Пречиста Крајина“), гдје су у Зети сахрањени српски кнез Владимир и његова жена Косара (легендарни Владимир и Косара из Летописа попа Дукљанина). У Срђу срцу Бојане налазе се рушевине цркве коју су на темељима старијег храма подигли краљица Јелена Анжујска и њени синови краљеви Милутин и Драгутин у 13. вијеку. У овој цркви сахрањени су зетски краљ Михаило и његов син Бодин. У селу Плавници на источној страни језера налазе се рушевине цркве Светог Јована, који се помиње у вријеме св. Сава. На острву Врањина у Скадру некада је постојао манастир у коме је једно вријеме било сједиште Зетске митрополије. На острву Бешка налазе се рушевине старије цркве и црквице коју је 1404. године подигла Јела, жена Ђурђа Стратимировића и ћерка кнеза Лазара. По предању, подигла је и цркву Св. Николе у селима Врања код Хумског Блата (крајња јужна/јужна тачка Скадарског језера) и Гостиљу код Плавнице. На острву Кому стоји црква Пресвете Богородице у којој су гробови Љеша Црнојевића, војводе деспота Стевана и госпође Маре, његове жене. У селу Бериславцима, на источној страни језера, биле су палате Балшића, а испод града Скадра, на реци Дримац, била је палата Немањића, где су (будући цар) Душан, његов син Стефан Урош Трећи (Свети Стефан Дечански) и Ђурађ Балшић је живјели с прекидима.То властелинство се помиње и 1416. године.
У сторијским епским пјесмама опјевани су Мрњавчевићи као ктитори и господари Скадра („Градња Скадра“, „Женидба краља Вукашина“), од којих води поријекло Краљевић Марко. У једној албанској варијанти, градитељ Скадра је епски јунак Роса, а на зидинама се гради његова сестра Фа (епонимни јунак средњовековног имена града – Росафа). Историјске, а посебно српске и муслиманске епске пјесме, много су ближе званичној фактографији. Није прескочен ниједан важан догађај везан за скадарске везире и њихову политику према Србима : битка на Крусима 1796.године као и битка на Делиграду године 1806.
Први корак у настанку будуће Црне Горе направио је војвода, а касније и владика дајбапски, српски и грилски Мркш Крстовић . Збирни назив за њега и неколико села данашње Зете био је Матагуж. Мркша је један од 4 сина Павла „Орловића“, Стањевића, Јована, потомка Стефана Немање, рођеног у Дрепу у Прапратни и крштеног у Цркви Срђу (данас Ширђ ) на Бојани у цркви Светих Срђа и Вакха, и далеки потомак Вукана, тј. Цар Ликиније, по коме је град Лицинијум добио име, тј. Улцињ. Владика Мркша га је купио од босанског краља Остоје 1419. године. „монте де Корно“, назван по брду које данас носи име Криви Врх, касније названо Станисалићи и Корнет. То је потврђено у уговору деспота Ђурђа Вуковића и Млетачке републике у Смедереву 14. августа. 1435. године. Уз то имање, 5 села је добило је назив „Катоне Цернагоре“. То су Бери, Крусе, Остриње (по Остросу касније Десика), Големати и Горичани. Многе породице и господари тих села, тачније њихови преци су одувијек имали станове на обронцима Ловћена и око Ставора, у документу из 1435. године. “Монтана Цернагоре”. Тој групи села ускоро ће се придружити и Комани, њихове комшије из Љешанске Црне Горе, у сада новој области, Црној Гори са становима на Шиљавици и шире. Територијално, та нова Црна Гора пресјекла је стару Лушку жупанију на два дијела.
