Početkom maja 1941. godine ustaški povjerenik za Bosnu, rimokatolički župnik Božidar Brale, zatražio je od mitropolita Petra da naredi svojim sveštenicima i crkvenim opštinama da više ne pišu ćirilicom i da pečate zamijene latiničnim kako bi bio ispoštovan Zakon NDH o stavljanju ćirilice van upotrebe.
Brale je mitropolitu dao rok u kojem ova odluka mora biti ispoštovana. Govorio je i o posljedicama koje bi uslijedile u suprotnom.
Mitropolitov odgovor je bio kratak ali epohalan: „Ćirilovo se pismo ne može ukinuti za 24 sata, a osim toga, rat još uvijek nije završen!“
Nakon ovoga mitropolit Petar je svakog trenutka očekivao da bude uhapšen. Okupio je parohijske sveštenike i dao im uputstva kako će djelovati u slučaju da se desi najgore.
Poslije podne 12. maja 1941. godine ustaška policija je uhapsila mitropolita Petra u palati mitropolije. Nisu dozvolili da sa njim krene sveštenička pratnja. Čuvši da je mitropolit odveden, prota Janko Brežančić, uprkos upozorenju pohitao je sarajevskim ulicama kako bi sustigao oca Petra.
On je posvjedočio: „Mitropolit je išao naprijed, a za njime policajci. Njegova uspravna figura izgledala je tad još većom i uspravnijom. Išao je polagano, dostojanstveno. Njegovo mramorno, blijedo i svetačko lice, uokvireno u lijepu i bijelu grudu snijega njegove brade, u tom času bilo je još blijeđe, dostojanstvenije i ljepše.”
Ustaše su otjerale protu u Mitropoliju. Oko 6 časova poslije podne, mitropolit se nije vratio a vani je počela padati kiša. Prota Brežančić se odvažio i krenuo u upravu policije kako bi dao kišobran mitropolitu Petru, no dežurni satrapin je rekao da je mitropolit odveden.
Tuga je te večeri zavladala u odajama palate mitropolije dabrobosanske. Sveštenici su bili na okupu i u tišini i molitvi očekivali šta će se dalje dogoditi.
Ubrzo su saznali da je mitropolit Petar u zatvoru Belediji, ali krvnici nisu dozvoljavali da ga bilo ko posjeti. Nakon tri dana mitropolit je u pratnji agenata stigao u palatu gdje je uzeo svoje stvari a po izlasku iz zgrade rekao je poslužitelju: „Čuvaj kuću. Ja odoh u Zagreb!“
Bio je to 15. maj, dan kada je mitropolit Petar posljednji put viđen u Sarajevu.
Iz Zagreba su mitropolita Petra vodili po brojnim ustaškim logorima. Obrijali su mu bradu, skinuli mantiju i vladičanska dostojanstva, tjerali ga da u poznim godinama radi najteže poslove. Mučili su ga najstrašnijim mukama.
Ne postoji tačan podatak kako je skončao svoj ovozemaljski život. Naime, postoje tri verzije. Po jednoj, iz Gospića je odveden u Koprivnicu a zatim prebačen u zagrebačku bolnicu u Stenjevcu. Po drugoj, iz Gospića je odveden u Jadovno gdje je zvjerski ubijen maljem u glavu i bačen u provaliju, najvejrovatnije u Šaranovu jamu. Po trećoj koja se zasniva na svjedočenju Jova Furtule i Jova Lubure, mitropolit Petar je ubijen u Jasenovcu i bačen u užarenu peć za pečenje cigle.
U svakom slučaju do danas se ne zna gdje je grob našeg mitropolita Petra.
Strašno je to da milogorci ništa nijesu naučili iz mučne i mučeničke prošlosti, traže neprijatelje meðu braćom i ližu se sa zločincima svoga naroda!