Почетком маја 1941. године усташки повјереник за Босну, римокатолички жупник Божидар Брале, затражио је од митрополита Петра да нареди својим свештеницима и црквеним општинама да више не пишу ћирилицом и да печате замијене латиничним како би био испоштован Закон НДХ о стављању ћирилице ван употребе.
Брале је митрополиту дао рок у којем ова одлука мора бити испоштована. Говорио је и о посљедицама које би услиједиле у супротном.
Митрополитов одговор је био кратак али епохалан: „Ћирилово се писмо не може укинути за 24 сата, а осим тога, рат још увијек није завршен!“
Након овога митрополит Петар је сваког тренутка очекивао да буде ухапшен. Окупио је парохијске свештенике и дао им упутства како ће дјеловати у случају да се деси најгоре.
Послије подне 12. маја 1941. године усташка полиција је ухапсила митрополита Петра у палати митрополије. Нису дозволили да са њим крене свештеничка пратња. Чувши да је митрополит одведен, прота Јанко Брежанчић, упркос упозорењу похитао је сарајевским улицама како би сустигао оца Петра.
Он је посвједочио: „Митрополит је ишао напријед, а за њиме полицајци. Његова усправна фигура изгледала је тад још већом и усправнијом. Ишао је полагано, достојанствено. Његово мраморно, блиједо и светачко лице, уоквирено у лијепу и бијелу груду снијега његове браде, у том часу било је још блијеђе, достојанственије и љепше.”
Усташе су отјерале проту у Митрополију. Око 6 часова послије подне, митрополит се није вратио а вани је почела падати киша. Прота Брежанчић се одважио и кренуо у управу полиције како би дао кишобран митрополиту Петру, но дежурни сатрапин је рекао да је митрополит одведен.
Туга је те вечери завладала у одајама палате митрополије дабробосанске. Свештеници су били на окупу и у тишини и молитви очекивали шта ће се даље догодити.
Убрзо су сазнали да је митрополит Петар у затвору Беледији, али крвници нису дозвољавали да га било ко посјети. Након три дана митрополит је у пратњи агената стигао у палату гдје је узео своје ствари а по изласку из зграде рекао је послужитељу: „Чувај кућу. Ја одох у Загреб!“
Био је то 15. мај, дан када је митрополит Петар посљедњи пут виђен у Сарајеву.
Из Загреба су митрополита Петра водили по бројним усташким логорима. Обријали су му браду, скинули мантију и владичанска достојанства, тјерали га да у позним годинама ради најтеже послове. Мучили су га најстрашнијим мукама.
Не постоји тачан податак како је скончао свој овоземаљски живот. Наиме, постоје три верзије. По једној, из Госпића је одведен у Копривницу а затим пребачен у загребачку болницу у Стењевцу. По другој, из Госпића је одведен у Јадовно гдје је звјерски убијен маљем у главу и бачен у провалију, највејроватније у Шаранову јаму. По трећој која се заснива на свједочењу Јова Фуртуле и Јова Лубуре, митрополит Петар је убијен у Јасеновцу и бачен у ужарену пећ за печење цигле.
У сваком случају до данас се не зна гдје је гроб нашег митрополита Петра.
Strašno je to da milogorci ništa nijesu naučili iz mučne i mučeničke prošlosti, traže neprijatelje meðu braćom i ližu se sa zločincima svoga naroda!